Digitale Bibliotheek
Sluiten Bladeren door artikelen uit een tijdschrift
 
<< vorige    volgende >>
     Tijdschrift beschrijving
       Alle jaargangen van het bijbehorende tijdschrift
         Alle afleveringen van het bijbehorende jaargang
           Alle artikelen van de bijbehorende aflevering
                                       Details van artikel 2 van 11 gevonden artikelen
 
 
  CombAlign: A Protein Sequence Comparison Algorithm Considering Recombinations
 
 
Titel: CombAlign: A Protein Sequence Comparison Algorithm Considering Recombinations
Auteur: Katja Wegner
Stephan Jansen
Stefan Wuchty
Ralph Gauges
Ursula Kummer
Verschenen in: In silico biology
Paginering: Jaargang 4 (2004) nr. 3 pagina's 243-254
Jaar: 2004-12-01
Inhoud: The basic linear treatment of sequence comparisons limits the ability of contemporary sequence alignment algorithms to detect non-order-conserving recombinations. Here, we introduce the algorithm combAlign which addresses the assessment of pairwise sequence similarity on non-order-conserving recombinations on a large scale. Emphasizing a two-level approach, combAlign first detects locally well conserved subsequences in a target and a source sequence. Subsequently, the relative placement of alignments is mapped to a graph. Concatenating local alignments to reassemble the target sequence to the fullest extent, the maximum scoring path through the graph denotes the best attainable combAlignment. Parameters influencing this process can be set to meet the user's specific demands. combAlign is applied to examples demonstrating the possibility to reflect evolutionary kinship of proteins even if their domains and motifs are strongly rearranged.
Uitgever: IOS Press
Bronbestand: Elektronische Wetenschappelijke Tijdschriften
 
 

                             Details van artikel 2 van 11 gevonden artikelen
 
<< vorige    volgende >>
 
 Koninklijke Bibliotheek - Nationale Bibliotheek van Nederland